Par défaut, lors du déploiement, une action custom s'exécute avec les privilèges de l'utilisateur courant. Celle-ci ne dispose d'aucun privilège administrateur. Le fait de fixer un scope perMachine comme ceci ne suffit pas :

<Wix xmlns="http://wixtoolset.org/schemas/v4/wxs"> 
  <Package 
     Name="..." 
     Scope="perMachine"> 

Une solution peut consister dans le fait de d'utiliser un terminal avec une élévation de privilège pour lancer msiexec (msiexec /i mon-fichier.msi).

Heureusement WiX Toolset, permet de demander à Windows Installer d'exécuter une action custom avec des privilèges élever facilement. Pour cela, il faut utiliser l'option deferred pour la propriété Execute, et no pour la propriété Impersonate. La raison de ce changement est expluqée ici : Immediate Custom Actions Always Impersonate - Visual Studio Setup (microsoft.com)

Exemple :

<!-- Actions personnalisées --> 
<Binary 
    Id="CustomActions" 
    SourceFile="CustomActions.CA.dll"/> 
<CustomAction Id="DoSomething" 
    BinaryRef="CustomActions" 
    DllEntry="DoSomething" 
    Return="check" 
    Execute="deferred" 
    Impersonate="no"/>

Bien évidemment, l'action custom DoSomething doit être présente dans la séquence InstallExecuteSequence. Son exécution doit être planifiée entre InstallExecute, et InstallFinalize.

<InstallExecuteSequence>
  <Custom Action="DoSomething" Before="InstallFinalize" /> 
</InstallExecuteSequence> 

Après avoir appliqué ces modifications, l'action custom s'exécutera toujours avec des privilèges élevés.